Rádioterapia má v liečbe nádorov CNS svoju nezastupiteľnú úlohu. Protónová rádioterapia prináša v liečbe nádorov mozgu a miechy úplne nové možnosti. Zvlášť v prípade nádorov inoperabilných z dôvodu lokalizácie v blízkosti životne dôležitých oblastí alebo po nekompletne vykonaných exstirpáciách (operáciách) protónová rádioterapia významne zlepšuje liečebné výsledky pri zachovaní dobrej kvality života pacienta.
Protónové centrum v Prahe používa inovatívne postupy liečby, ktoré minimalizujú nežiaduce ožiarenie okolitých zdravých tkanív, ako je napr. zrakový a sluchový nerv, hippocampus alebo mozgový kmeň a pod. Prínos protónovej rádioterapie centrálnej nervovej sústavy sa tak prejavuje už v priebehu liečby, keď prevažná väčšina pacientov zvládne liečbu bez hospitalizácie.