Detský pacient je na liečbu do Protonového centra prijatý na základe odporúčania detského onkológa. Protónové centrum v Prahe spolupracuje s Klinikou detskej hematológie a onkológie FN Motol a Klinikou detskej onkológie FN Brno. Detskí pacienti sú v prípade nutnosti (napr. ak ožarovanie prebieha v celkovej anestézii) hospitalizovaní vo Fakultnej nemocnici v Motole a do Protonového centra dochádzajú iba na ožiarenie.
Napriek tomu, že je protónová liečba bezbolestná, vieme, že dôležitou súčasťou liečby je psychika dieťaťa. Od prvého momentu je tak v rámci možností všetko prispôsobené jeho potrebám. Deti na ožiarenie alebo kontrolné vyšetrenie, pokiaľ nie sú v anestézii, môžu čakať v detskej miestnosti s množstvom hračiek, ktoré ničím nepripomína nemocnicu. Veselé omaľovánky a skladačky s „profesorom Protonom“, ktorý ich sprevádza liečbou, poskytnú rozptýlenie a vykonajú ich spoločne s vyškoleným personálom celou liečbou.
Každé ožiarenie detského pacienta v Protonovom centre trvá 15-90 minút, väčšinu času zaberie rozptýlenie dieťaťa, jeho upokojenie a nastavenie polohy pre ožiarenie, samotné ožarovanie je otázkou niekoľkých minút.
V prípade liečby v celkovej anestézii sa pobyt v Protonovom centre predĺži cca na 2-3 hodiny, ktoré dieťa strávi spoločne s rodičom v anesteziologickej miestnosti a na dospávacej izbe, kde sa pod dohľadom sestričiek a lekára/anesteziológa dospia. Pred každým ožarovaním starostlivo prekontrolujeme polohu dieťaťa pomocou röntgenových snímok a vykonáme niekoľko čiastkových kontrol, bez ktorých by sa ožiarenie nemohlo spustiť. Minimálne raz týždenne absolvuje dieťa kontrolu u lekára, ktorý s rodičmi preberie priebeh liečby a skontroluje zdravotný stav dieťaťa. Súčasne prebiehajú kontroly detským onkológom (ambulantne), ak nie je dieťa hospitalizované.
