Protónová liečba je šetrnejšia, pretože dokáže znížiť záťaž okolitých tkanív a orgánov nežiaducim žiarením, a tým významne znížiť riziko komplikácií spojených s liečbou. Umožňuje použitie rádioterapie aj pri ochoreniach (situáciách), ktoré doteraz nebolo možné liečiť konvenčnou rádioterapiou.
Na základe celosvetových skúseností a dlhodobých výsledkov u odliečených pacientov je zrejmé, že pacienti si po protónovej liečbe zachovávajú vysokú kvalitu života v porovnaní s ostatnými možnosťami liečby.
Na schematickom obrázku je znázornené rozloženie dávky žiarenia v tele pri použití protónovej a fotónovej terapie.
Je zrejmé, že protónový zväzok ožaruje iba tzv. cieľový objem (oblasť, kde sa nachádza alebo nachádzal nádor), teda žiarenie je smerované takmer výlučne len do tkaniva, ktoré je postihnuté. Naopak fotónové žiarenie vďaka svojim fyzikálnym vlastnostiam zasahuje významne aj okolité zdravé štruktúry.