Pacjent pediatryczny jest przyjmowany do Centrum Terapii Protonowej na leczenie na podstawie skierowania wydanego przez onkologa dziecięcego. Centrum Terapii Protonowej w Pradze współpracuje z Kliniką Hematologii i Onkologii Dziecięcej Szpitala Uniwersyteckiego Motol oraz Kliniką Onkologii Dziecięcej Szpitala Uniwersyteckiego w Brnie.
W razie konieczności (np. jeśli napromienianie jest przeprowadzane w znieczuleniu ogólnym), pacjenci pediatryczni są hospitalizowani w Szpitalu Uniwersyteckim w Motolu i podróżują do Centrum Terapii Protonowej tylko na sesje promieniowania.
Chociaż terapia protonowa jest bezbolesna, wiemy, że psychika dziecka jest ważną częścią leczenia. Dlatego od pierwszej chwili wszystko jest w miarę możliwości dostosowywane do potrzeb dziecka.
Dzieci mogą czekać na radioterapię lub badania kontrolne, o ile nie są pod narkozą, w pokoju dziecięcym z mnóstwem zabawek, który w niczym nie przypomina szpitala. Wesołe kolorowanki i układanki z „profesorem Protonem”, który towarzyszy im w trakcie leczenia, to okazja, by odwrócić uwagę dzieci – wraz z wyszkolonym personelem będą im asystować przez całą terapię.
Każda sesja radioterapii pacjenta pediatrycznego w Centrum Terapii Protonowej trwa od 15 do 90 minut, przy czym większość czasu poświęca się na odwrócenie uwagi dziecka, uspokojenie go i przygotowanie do napromieniowania; sama radioterapia to kwestia kilku minut.
W przypadku leczenia w znieczuleniu ogólnym pobyt w Centrum Terapii Protonowej wydłuża się do około 2–3 godzin, które dziecko spędza wraz z rodzicem na sali anestezjologicznej i sali wybudzeń, gdzie znajduje się pod nadzorem pielęgniarek i lekarza/anestezjologa.
Przed każdą sesją radioterapii dokładnie sprawdzamy pozycję dziecka za pomocą zdjęć rentgenowskich i wykonujemy kilka kontroli cząstkowych, bez których nie można rozpocząć radioterapii. Co najmniej raz w tygodniu dziecko odbywa wizytę kontrolną u lekarza, który omawia z rodzicami przebieg terapii i sprawdza stan zdrowia dziecka. Jednocześnie, jeśli dziecko nie jest hospitalizowane, kontrole przeprowadza onkolog dziecięcy (ambulatoryjnie).